Ceza mahkemelerinde “reysen araştırma” prensibi esas olduğundan hukuk mahkemelerinden farklı olarak aşağıda açıklanan yargılama giderleri kural olarak reysen ve devlet hazinesinden karşılanır. Ceza Muhakemesi Kanunu’nun 324’üncü maddesinde yargılama giderlerinin neler olduğu açıklanmıştır. Buna göre hükmedilen harçlar;
Tarifesine göre ödenmesi gereken avukatlık ücretleri, Soruşturma ve kovuşturma evrelerinde yargılamanın yürütülmesi amacıyla devlet hazinesinden yapılan her türlü harcamalar, Taraflarca yapılan ödemeler, yargılama giderleridir.
Celse ve suret harçları hariç kural olarak ceza davaları harca tabi değildir. Ancak ceza mahkemelerinde maddi ve/veya manevi tazminata ilişkin olarak şahsi hak istemiyle davaya müdahil olunması ve şahsi hakkın da hüküm altına alınması hâlinde; bunlar hukuk mahkemelerinde görülen davalardan içerikleri itibarıyla farklı olmadıklarından bu tür davalarda 492 sayılı Harçlar Kanunu’nun (1) sayılı tarifesine göre nispi harç alınır.
Mahkemece yapılan keşif, tebliğ, tanık, bilirkişi vb. harcamalar, kovuşturma sonunda cezaya hükmedilecek sanıktan tahsil edilmek üzere devlet hazinesi tarafından (genel bütçeden ayrılan ödenekten) karşılanır. Kovuşturmaya konu dosyada birden fazla sanık varsa her bir sanık kendisi için yapılan harcamadan sorumludur. Örneğin; iki sanıklı bir ceza davasında, sanıklardan biri hakkında beraat, diğeri hakkında ise cezaya hükmedilmişse beraat eden için yapılan harcama devlet hazinesi üzerinde kalır. Hakkında cezaya hükmedilen sanık ise kendisi için yapılan (tebligat, tanık, bilirkişi vb.)harcamaları, hükmün kesinleşmesi ile birlikte Maliye’ye ödemekle mükelleftir. CMK’nun 324/1’inci Maddesi kapsamında sayılan yargılama giderleri, Harçlar Kanunu’nun 27/2’incimaddesi uyarınca hükmün kesinleşmesinden itibaren 15 gün içerisinde ilgililerinden tahsil edilmek üzere Maliye’ye müzekkere yazılması gerekmektedir. Devlet Hazinesi tarafından reysen yapılan harcamalar Harçlar Kanunu gereğince tahsil edildiğinden bu müzekkereye “Harç Tahsil Müzekkeresi” denilir.