İlk kez Kamu Mali Yönetimi ve Kontrol Kanunu ile Sayıştay denetimine tâbi tutulan düzenleyici ve denetleyici kurumlar ile özel bütçeli idarelerin 31.12.2005 tarihine kadar olan işlemlerinin dış denetimi ilgili kanunlarındaki hükümlere göre yapılmaya devam edilir (geçici m. 10). Yani 1 Ocak 2004- 31 Aralık 2005 tarihleri arasında, adı geçen kurumların dış denetiminde bir değişiklik olmayacaktır. Ancak 1 Ocak 2006 tarihinden itibaren bu kurumlar da yapılacak düzenlemeye ve bu kanun hükümlerine göre Sayıştay’ın dış denetimine tabi olacaklardır.
Kanunda öngörülen düzenlemeye genel olarak bakıldığında, her kamu idari birimine bir iç denetim görevlisi memur edilerek ilgili kurumun Sayıştay’ın dış denetimine hazır hale getirilmesi planlanmıştır. Yani, kanunda belirtilen ünvanlara (mali kontrol yetkilisi, iç denetçi ve muhasebe yetkilisi) sahip olanlar, bağlı bulundukları kurumlarda ilgili mali yıl içerisinde denetim için gerekli alt yapı çalışmasını gerçekleştirerek, kurumun Sayıştay’ın dış denetimine (veya performans denetimine) hazır hale gelmesini sağlayacaklardır. Getirilen bu düzenlemede denetim işlevinin bir kısmı ilgili kurumun kendi iç çalışmasına bırakılmıştır. Performans esaslı yönetimin bir gereği olarak harcamacı kuruluşların serbestisi genişletilmiştir.