Her idari işlem gibi, vergi dairelerince tanzim edilerek mükelleflere tebliğ edilen ödeme emirlerine karşı da haksız oldukları iddiası ile tebliğini izleyen 7 gün içinde iptal davası açılabilir.
Ancak bu davada ileri sürülebilecek iddialar, Amme Alacaklarının Tahsil Usulü Hakkındaki 6183 sayılı Kanunun 58. maddesi ile sınırlandırılmıştır. Bu sınırlandırmanın varlık sebebi, ödeme emirlerinin ancak, kamu alacaklarının artık tartışılamayacak derecede kesinleşmiş aşamada bulunduğu hallerde oluşturulabilecek bir idari işlem olduğu düşüncesine dayanmaktadır.
6183 sayılı Kanunun anılan maddesine göre, ödeme emirleri aleyhine açılacak davalarda davacı ancak, aşağıdaki üç gerekçeden birine dayanılabilir.
i) Böyle bir borcun olmadığı iddiası: Kendisine ödeme emri tebliğ edilen borçlunun böyle bir borcunun olmadığını iddia edebilmesi için, borcun hukuken hiç doğmaması ya da borç doğduktan sonra tamamen ödenmesi veya sair bir nedenle ortadan kalkması gerekmektedir.
ii) Borcun kısmen ödendiği iddiası: Bu iddia; borçlunun, borcun varlığını kabul etmekle birlikte, borç tutarının ödeme emriyle talep edilen tutar kadar olmadığını ileri sürmesi durumunda gündeme gelmektedir.
iii) Borcun zamanaşımına uğradığı iddiası: Zamanaşımı kanunlarda belirlenmiş olan belli bir sürenin geçmesi nedeniyle bir hakkın elde edilmesi veya bir hakkın kaybedilmesidir. Bu iddiaya göre, amme alacaklarının 6183 sayılı Kanunun 102. maddesine göre zamanaşımına uğramış olması gerekmektedir.
Kanuna göre ileri sürülebilecek bu iddia konularının içerikleri, uygulamada yargı tarafından haklı olarak genişletilerek doldurulmuş ve geliştirilmiştir. Örneğin, tarh işleminin tebliğinin usulüne uygun olmadığı, tarhiyattaki bazı sakatlıklar, mükellefin gayri faal olduğu ve kazanç elde etmediği vb. pek çok iddia, yargı tarafından “borcum yoktur” iddiası içerisinde değerlendirmektedir.
Ödeme emirlerine karşı açılacak davaların, Vergi / Ceza İhbarnamelerine karşı açılan davalardan bir önemli farkı da, yürütmeyi durdurmamasıdır. Bir başka anlatımla ödeme emrini tebliğ eden vergi dairesi, bu ödeme emri aleyhine dava açılmış olsa dahi, icra işlemlerine devam edebilir. Ödeme emrinin yürütülmesinin durdurulabilmesi, ancak dava açılan mahkemeden yürütmeyi durdurma kararı alınabilmesi ile mümkün olabilmektedir. Vergi Mahkemeleri yürütmeyi durdurma kararlarını, koşulları varsa, teminat karşılığı veya teminat aranmaksızın verebilmektedir.
Kendilerine ödeme emri tebliğ olunanlar, genellikle, ödeme emrinin ödeme yapılmış olmasına düzenlendiği veya önceden mahsup talebi bulunduğu veya borcun çeşitli sebeplerle haksızlığına inanılan hallerde, düzeltilmesi veya iptal edilmesi için vergi dairelerine müracaat etmektedirler. Buna karşılık Vergi Usul Kanunu’nda, vergilendirme işlemlerine karşı hata gerekçesi ile vergi idaresine müracaat ve düzeltme talep edilmesi yolu, sadece bu Kanuna (ve tabiî ki ilgili vergi kanununa) göre yapılan vergilendirme işlemleri için tanınmıştır. Oysa ödeme emrinin tanzimi, bir başka deyişle bu idari işlem, bir vergilendirme işlemi olmayıp 6183 sayılı bir tahsilat işlemidir. Kaldı ki bir kanuna ait bir müessesenin veya bir yolun, başka bir kanuna ait farklı işlemlerde uygulanabilmesi için atfa ihtiyaç vardır. Böyle bir atıf ise 6183 sayılı Kanunda yoktur. Bu nedenle Vergi Usul Kanununun “hata ve düzeltme” yolunun ödeme emri için kullanılması mümkün değildir.